辦理三體系認證的費用主要由以下部分組成：

首先是審核費用，ISO9001證書的有效期是三年，每年都要進行一次年審，那么審核的費用就包括了初審和年審的費用。

企業(yè)首次申請認證稱之為初審，初審的費用主要與公司人數(shù)和企業(yè)所在行業(yè)有關(guān)。另外，企業(yè)選擇不同的認證機構(gòu)，費用也會不一樣。目前，全國的認證機構(gòu)有幾百家，其中包含了一些外資機構(gòu)，一般來說外資機構(gòu)的費用會高于國內(nèi)的認證機構(gòu)，例如SGS、TUV、BV等機構(gòu)，收取的費用至少會是12000元起步。國內(nèi)的認證機構(gòu)，一般費用會從5000元起步。

山西三體系認證機構(gòu)東利聯(lián)合提醒：企業(yè)首次獲得ISO9001證書之后，還要進行第二、第三年的監(jiān)督審核，我們稱之為年審，年審的費用通常會比初審費用便宜一些。

如果企業(yè)為了降低風險，提高認證通過率，需要找第三方咨詢機構(gòu)進行輔導，則還會產(chǎn)生一定的咨詢費用。

除此之外，項目審核期間產(chǎn)生的差旅費用通常也是由企業(yè)進行實報實銷來承擔的。